南捕厅19号、大板巷42号展厅是《一脉文心 千古流传——南京非物质文化遗产》展示区。南京的非物质文化遗产中，中国古琴艺术（金陵琴派）、中国南京云锦织造技艺、中国雕版印刷技艺（金陵刻经印刷技艺）、中国剪纸（南京剪纸）已被联合国教科文组织列入“人类非物质文化遗产代表作名录”，成为世界级的非物质文化遗产，在南京市民俗馆内都专门设有主题馆。其他的90个被列入南京市非物质文化遗产名录的项目，在馆内都有很完美的呈现，包括精彩的东坝大马灯、龙吟车、跳五猖、薛城花台会、江浦手狮、秦淮灯彩、留左吹打乐、金箔锻制、金银细工工艺、脱尾龙传说等等。互动项目有一起学手狮表演、大马灯拍照、留左大鼓敲打、非遗经版墙查询等，吸引了观众驻足参与。

非遗综合展馆区域在设计中以水墨形式为点，以文化内涵为线，以建筑氛围为面，点线面三位一体对其进行设计和展示。整体空间设计简洁明快，运用新颖的展陈手段和方式，突出其主题性，达到文化传播和互动传承的效果。灿若云霞（云锦）区，以明清时期的皇家宫苑的建筑构建，突出其高贵，中心等比例复原的云锦织机和两侧展示的精美云锦相映衬，彰显了其高贵艺术的所在；天工传经（金陵刻经）区，中心看板的图文突显了“刻”的艺术效果，辅以博古架展示雕版、经书等，并设有相对独立的空间，以现场演绎的形式，展示其工艺和流程；花团锦簇（剪纸）区，陈列充分利用文物、艺术品种类齐全的优势，通过抽象的造型及趣意的图文形式准确地展现吉祥如意、幸福美满的主题寓意，并设有剪纸互动区，让参观者能够自己制作剪纸，让古老的民间艺术焕发青春；古韵流芳（古琴）区，整体空间构图简洁明快、风格朴拙浑厚，以古琴演绎、古朴画卷、艺术品、多媒体动态影像等多种展陈形式传神的演绎古琴的人文气质和文化品位；大雅昆腔（昆曲）区，展现昆曲与金陵渊源以及昆曲的流派、代表人物、创作作品等内容，展示了中国昆曲文化的魅力。