2008年7月，南京市博物馆在大报恩寺遗址发掘清理一处塔基和地宫遗迹。根据地宫内出土的《金陵长干寺真身塔藏舍利石函记》碑铭，确认该塔基和地宫是宋代大中祥符四年修建的长干寺建筑遗存。据碑铭记载，地宫内瘗藏有感应舍利十颗、佛顶真骨及诸圣舍利。这些舍利“内用金棺，周以银椁，并七宝造成阿育王塔以缄藏焉”。2010年6月，瘗藏舍利的金棺银椁在南京古刹栖霞寺盛世重光。尘封千年的佛家珍宝再次让世人震撼。

银椁长18.2、宽10.5、通高19厘米，整体上可分为上椁、下座两大部分。上部的椁呈棺状，一端较高，一端略低，有盖有体。盖顶有五个折面，上面錾刻装饰莲花、凤凰、人面鸟身的妙音鸟（迦陵频伽鸟）等精美、复杂的纹饰；椁盖的两个端面皆浮雕出门楼的造型，包括屋檐、檐下的斗拱，以及檐上围绕的如意祥云等。椁体为长方形，两端面与顶盖的纹饰相接，錾刻出两扇门的形象，门上装饰柱剑而立的门神图案。两个侧面的中部亦为门神，门神两边为手持笙、笛、排箫、竽等各种乐器的伎乐神。银椁的下部为长方形须弥座，须弥座的上、下分别有两层和三层出涩，其中下部的第三层出涩装饰为一圈仰莲瓣，而上部的两层出涩装饰为仰覆莲瓣。须弥座中部的束腰部分共有八个壸门，内饰莲花。该银椁实为鎏金银椁，在底座仰覆莲、壸门，上部的门楼、门神、伎乐神等关键部位施以鎏金，形成层次分明、重点突出的装饰效果。

银椁内藏一只纯金打造的金棺。金棺的形制与纹饰与银椁类似，长13.1、宽6.3、通高7厘米。盖顶面五折，上饰莲花、凤鸟，两端也各饰一只凤鸟。棺体两端各饰两位柱剑门神，但两侧面各饰三位伎乐神，手持的乐器增加了唢呐、拍扳等。佛顶真骨即瘗藏于金棺内。

另外在七宝阿育王塔内最底部又发现了第二套舍利容器，依次为漆函、银函和鎏金银函。漆函正方形，通体髹黑色漆，显得庄严肃穆。漆函内的银函，方形盝顶，边长14.5、通高13.2厘米。盝形函盖的顶面浮雕双龙戏珠，四个斜面上各饰双凤，八凤呈祥函而四个立面各饰三只双头金刚杵，杵心处以莲花为饰。函体四外壁的中心皆饰一尊佛像，结跏趺坐于一朵莲花之上。函盖与函体还以缠枝卷草做为底纹。银函内再盛放一只银鎏金小函。此函为正方形，边长7.7、高5.7厘米。函盖顶面中心饰四朵缠枝莲花，围以菱形边框，四角各饰一朵折枝莲花。函盖四边立面上各饰一只双头金刚杵，杵心为莲花。函盖有纹饰处皆鎏金。函体四外壁亦饰金刚杵，但素色无鎏金。此金函内藏有诸圣舍利。

佛教自东汉传入中国后，经六朝、隋唐时期的发展，逐渐形成汉化佛教，对于佛舍利的瘗藏、供奉亦逐渐形成固定的模式。一般均有石函、铁函、银椁、金棺、琉璃瓶等层层套装；金棺、银椁外有的还用锦缎包裹。这次长干寺地宫出土的金棺银椁等瘗藏舍利的容器，对于研究宋代金银器制作工艺、佛教艺术等提供了珍贵的实物资料，具有重要的历史、文化、艺术价值。

银椁底部刻有铭文，有“大卿施护佛顶骨”的字样，记录了佛顶骨舍利是施护捐赠的。据史料记载，施护是印度人，他于公元980年，从印度来到中国弘法，当时的南京被称作“昇州”，是中国江南地区的政治、经济和文化的中心。施护除了携带大量的佛经以外，还将珍贵的佛顶骨舍利带到南京，并最终供奉于在长干寺地宫内。