吴煦档案为太平天国历史博物馆馆藏国家一级文物，全套档案含装裱件606册，散件约数千页，另有古籍158种，总页数预估为7万余页。为加强文物保护，推进利用、研究及展陈等方面工作的协调可持续发展，这批档案亟待进行数字化保护。

2019年，太博馆实施了吴煦档案的一期数字化项目，共完成254本约2.5万页的数据采集。在上级主管部门的关心指导下，吴煦档案数字化保护方案（二期）于2020年8月通过省文物局审批，并获得2021年度国家文物保护专项资金支持，2021年初经南京市文旅局批准，南京市博物总馆“吴煦档案数字化保护项目（二期）”正式立项。根据保护方案，将对吴煦档案中装裱成册的352本及部分完成修复的散件进行扫描采集，以实现吴档数字资源的完整。

该项目实施前拟定了详细的工作方案，对于工作人员的调度、规范文物管理、数据处理及安全性、工作进度和数据移交周期等问题进行了周密的安排；执行中突出文保安全，并使用非接触式高精度扫描仪开展工作。4月初，该项目已正式启动，相关工作将在太平天国历史博物馆馆区内进行，全部工作预计2年内完成。