2022年9月21日，六朝博物馆走进南京市力学小学海德北岸分校、南京市立贤小学、南京市锁金新村第一小学等多所校园开启新学期馆校合作研学之旅。公共服务部教育专员顾子淳、周雨璟结合六朝博物馆展陈设计及六朝重点文物，带领学生们初识六朝博物馆，激发学生对南京历史文化学习的探索兴趣。

2020年10月，教育部、国家文物局印发了《关于利用博物馆资源开展中小学教育教学的意见》，省教育厅、文物局也转发要求：进一步健全馆校合作机制，促进博物馆资源融入教育体系，提升中小学利用博物馆纪念馆学习效果。2021年上半年，南京市文旅局与南京市教育局联合发布了《南京市关于利用博物馆资源开展中小学生教育教学的实施意见》。在国家及省市上级单位的明确政策指导下，六朝博物馆的馆校合作项目逐渐走向品牌化、系统化，合作机制也在不断完善健全。

2019年至今，南京市第三幼儿园、南京市长江路小学、南京市锁金村第一小学×南京市小学道德与法治唐隽菁名师工作室志愿团队的老师们走进六朝博物馆，成功开设了3个常规化馆校合作品牌项目——《美在六朝》《荟识六朝》《六朝风物》。

后期，馆校合作的老师们也会将博物馆系列课程带进校园，让学生们传承传统文化，感悟家国情怀。